Shinya Aoki juga dianggap sebagai salah satu petarung MMA kontroversional. Ia kerap mendapatkan kritikan dan hujatan lantaran dianggap melakukan selebrasi yang kurang sopan, serta dianggap kejam lantaran jarang memberikan respect terhadap lawannya yang mengalami cedera.

Hal kontroversi yang pernah dilakukan Aoki ialah mematahkan tulang lawannya, salah satunya ialah saat mengalahkan Kuniyoshi Hironaka dan Keith Wisniewski yang harus rela tangan mengalami patah tulang lantaran mendapatkan serangan teknik waki-gatame dan fly armbar.

Hal yang sama juga harus dialami oleh Mizuto Hitota yang tangannya harus patas karena menolak menyerah saat mendapatkan kuncian hammerlock. Usai pertandingan berakhir, Aoki memberikan ejekan pada Hirota dengan mengacungkan jari tengahnya, sebelum akhirnya meminta maaf.