Demi keamanan, upacara pembukaan Peparnas Papua melibatkan 779 aparat gabungan yang terdiri dari Polda Papua, Polres kota Jayapura, dan TNI.

Seluruh kegiataan Peparnas Papua bakal menerapkan protokol kesehatan ketat mengingat masih dalam kondisi pandemi COVID-19. Pembatasan penonton saat seremoni pembukaan diberlakukan.

Meski begitu, masyarakat akan tetap dapat menyaksikan kemegahan upacara pembukaan dengan hadirnya videotron di sejumlah titik di Jayapura.

Selain itu, Kementerian Kominfo juga telah menginstruksikan agar semua siaran televisi dapat menyiarkan upacara pembukaan dan penutupan Peparnas secara langsung.

Perhelatan bertema "Sehati Mencapai Tujuan, Ciptakan Prestasi" tersebut dilaksanakan di 2 klaster penyelenggaraan, meliputi 12 venue cabang olahraga dengan enam lokasi di Kota Jayapura dan enam lainnya di Kabupaten Jayapura.

Ke 12 cabang olahraga yang dipertandingkan di Peparnas XVI Papua 2021 ini adalah cabang olahraga Para Atletik, Para Angkat Berat, Para Bulutangkis, Para Catur, Boccia, Blind Judo, Para Menembak, Para Panahan, Para Renang, Para Tenis Meja, Tenis Kursi Roda dan Sepak bola CP.