Kiprah Biaggi di dunia balap motor ditandai dengan keikutsertaannya di ajang Italian Sport Production kelas 125cc pada usia 18 tahun. Saat itu, ayahnya merangkap sebagai mekanik bagi Biaggi. 

Tahun pertamanya, Biaggi berada di dasar klasemen. Namun bakatnya sudah terendus dan menarik perhatian mekanik andal, Maurizio Vitali.

Terbukti, dukungan Vitali membuat Biaggi tampil mendominasi di musim berikutnya. Biaggi meraih gelar juara umum dengan mengemas enam gelar juara dari tujuh seri yang digelar.

Sukses ini membuat ia dikontrak Aprilia yang menjadi sponsornya di kelas 250cc. Biaggi meraih tiga gelar juara dunia beruntun di GP250 pada 1994, 1995, dan 1996 bersama Aprilia.

Ia bahkan kembali meraih gelar juara dunia keempatnya pada tahun 1997, namun kali ini bersama Honda.