Pembalap 22 tahun ini melakoni debutnya di Kejuaraan Eropa Superstock 600 pada 2011 dan membalap empat kali dengan Yamaha YZF-R6Team Forwards Racing Jr. Setahun kemudian, Morbidelli berakhir di posisi keenam di kategori sama dan menjadi juara Eropa dengan tim San Carlo Italian.

"Saya ingin berterima kasih kepada semua yang mendukung karier saya, Valentino Rossi dan VR46 Academy yang telah mendidik dan melindungi saya seperti keluarga, asosiasi Italia, sponsor, tim Puccetti, dan terutama Manuel Puccetti. Ia adalah manajer tim yang sangat perhatian," tutur Morbidelli kepada Speedweek, mengenai kesuksesannya saat itu.

Di tahun yang sama, ia membalap di kelas Moto2 di GP San Marino, Jepang, dan Valencia dengan motor Suter MMX2 di tim Gresini Racing. Selama dua tahun, Morbidelli pindah ke Italtrans Racing.

Ia pun hengkang ke tim Estrella Galicia 0,0 Marc VDS pada 2016. Pada musim ini, pembalap bernomor 21 ini masih bertahan dengan tim yang sama dan rekan setim yang sama, Alex Marquez.