Sudah hampir satu musim penuh pembalap Repson Honda tersebut tidak mengendarai motor untuk mengikuti balapan MotoGP. Ia mengalami cedera parah pasca terjatuh di balapan perdana MotoGP 2020 di Sirkuit Jerez, Spanyol.

Marquez langsung dilarikan ke meja operasi supaya cepat mendapatkan pertolongan. Setelah itu Marquez dinyatakan mengalami patah tulang di bagian bahu.

Namun saat mengikuti MotoGP Andalusia 2020 cedera Marquez malah tambah parah dan tim medis memutuskan untuk melakukan operasi kedua di bagian yang sama. Selanjutnya pada Desember 2020 lalu, ia dikabarkan kembali dioperasi dan kini masih dalam tahap pemulihan.