Mengawali menjadi direktur teknik, lalu menjadi pelatih kepala, sempat mundur, membatalkan keputusannya, friksi dengan suporter, dan lalu kembali mundur. Itulah rentetan peristiwa yang mengiringi petualangan Iwan Setiawan sebagai pelatih Persija Jakarta selama dua musim. Yaitu, rentang 2011-2013.

Pada Februari 2012, Iwan memutuskan mundur dari kursi pelatih Macan Kemayoran, julukan Persija. Tak berselang lama, dia menarik ucapannya itu.

"Manajemen mendukung niat saya dalam memerangi kecurangan di sepakbola Indonesia, terutama terhadap wasit. Saya kembali karena manajemen dan anak-anak meminta saya kembali," ujar Iwan dilansir dari Viva.

"Motor ketidakadilan kompetisi di Indonesia adalah karena wasit. Berangkat dari idealisme, saya ingin persepakbolaan Indonesia menjadi lebih baik, walaupun saya orang kecil,” lanjutnya.

Setelah itu, Iwan kembali memunculkan kontroversi. Dirinya sempat bersitegang dengan kelompok suporter Persija. Ketika itu, Macan Kemayoran tengah terpuruk. Suporter pun banyak yang menuntut Iwan untuk mundur.

Bukannya menanggapi dengan hasil positif di lapangan, Iwan malah menantang balik suporter dengan aksi kontroversial. Setiap pemain Persija berhasil mencetak gol, Iwan melakukan selebrasi provokasi ke arah tribun penonton. Tepatnya, tribun utara saat Persija masih ber-homebase di Stadion Utama Gelora Bung Karno.

Karier Iwan di Persija akhirnya benar-benar selesai pada musim keduanya. Dirinya mengundurkan diri setelah Macan Kemayoran terpuruk di papan bawah Liga Indonesia musim 2012/2013. Dari 11 pertandingan, Iwan hanya bisa membawa Persija meraih dua kemenangan. Sisanya, tujuh kali kalah dan dua seri.

Iwan beralasan bahwa keputusan mundurnya itu karena masalah kesehatan. Sehingga, kemungkinan akan membuat dirinya tidak maksimal membesut Persija.

"Manajemen Persija Jakarta menilai bahwa kondisi tersebut akan mengakibatkan kinerja yang bersangkutan tidak akan optimal untuk menjalani kompetisi ISL yang padat dan kompetitif," tulis rilis Persija saat itu.

"Manajemen mengucapkan terima kasih atas dedikasi dan kontribusi yang telah diberikan oleh pelatih kepala Iwan Setiawan dan asisten pelatih Sudirman selama ini,” sambung pernyataan itu.