Charis Yulianto mengawali karier sepakbolanya dengan menjadi bagian dari Persebaya Surabaya saat berlaga di Piala Soeratin edisi 1993. Empat tahun berselang, pemain kelahiran Blitar ini memulai karier profesionalnya di klub Arema Malang.

Charis mulai memperkuat Timnas Indonesia sejak 2004 di ajang Piala AFF di bawah asuhan Peter White. Dinilai apik dalam tugasnya sebagai bek tengah, ia juga dipercaya untuk menjadi kapten Timnas  menggantikan Ponaryo Astaman.

Charis juga pernah tampil dalam skuat Garuda di Piala Asia 2007 asuhan Ivan Kolev. Setahun kemudian, ia membawa tim Merah putih meraih perunggu di ajang Piala AFF 2008 bersama pelatih Benny Dollo.