Klub yang pernah 2 kali Scudetto dan sekali runner-up Liga Champions ini harus dinyatakan bangkrut pada tahun 2002 ketika mengalami krisis finansial. Pemilik klub, Vittorio Cecchi Gori, sudah menambahkan sejumlah uang ke dalam klub, tapi sayang sekali hal tersebut tidak cukup untuk mempertahankan klub. 

Fiorentina terdegradasi pada akhir musim 2001-02 dan berada dibawah naungan pemerintah pada Juni 2002. Bahkan, saat jelang musim 2002-03, Fiorentina memutuskan untuk tidak ambil tempat di Serie B dan memilih kompetisi Serie C2, kompetisi keempat di sepak bola Italia.

Di musim pertama, La Viola langsung menjuarai grup Serie C2 dan promosi ke Serie C1. Namun, karena kasus yang dijuluki Caso Catania (kasus yang adanya penambahan klub peserta Serie B), Mantam tim Gabriel Batistuta itu melewatkan Serie C1 dan langsung masuk Serie B. 

Klub berhasil mengakhiri musim 2003-04 dengan berada di posisi ke-6 dan memenangkan babak play-off kontra Perugia untuk kembali ke kompetisi tertinggi Serie A.