Stefano Lilipaly memulai karier sepakbolanya di negeri Kincir Angin, Belanda. Di level junior ia habiskan dengan RKSV DCG, Az Alkmaar, dan FC Utrecht. Berkat penampilan gemilangnya, Lilipaly mendapatkan promosi bermain di skuat FC Utrecht di Liga Utama Belanda.

Sama seperti Maitimo, Lilipaly juga pernah memperkuat Timnas Belanda U-15 hingga U-18. Nama Lilipaly semakin melejit saat membela Timnas Indonesia di ajang Piala AFF 2016 lalu.

Total dua gol dia lesakkan untuk Garuda di ajang Piala AFF 2016. Lilipaly mencatatkan total bermain selama 624 menit di turnamen sepakbola antarnegara Asia Tenggara tersebut.