PSSI mengalami dualism setelah sebagian anggota Federasi Sepakbola Indonesia itu tak terima dengan keputusan Djohar Arifin yang mengesahkan kompetisi LPI. Komite Penyelamat Sepak Bola Indonesia (KPSI) yang digagas Komisi Eksekutif (Exco) saat itu, yakni La Nyalla Mattalitti, Tony Apriliani, Erwin Dwi Budiawan, dan Roberto Rouw., tetap menggelar Liga Super.

Dualisme PSSI membuat nasib Persebaya semakin tak menentu. Kongres PSSI akhirnya digelar pada 2013 yang juga melibatkan Asosiasi Sepakbola Asia (AFC) dan Federasi Sepakbola Dunia (FIFA) demi menyatukan dua kubu yang bersebrangan.

Kongres PSSI yang digelar tersebut tetap tak mengakui keberadaan Persebaya.  Hingga Bonek, pendukung setia Persebaya, melakukan aksi protes yang berlangsung damai di depan Hotel Shangri-la, Surabaya, tempat penyelenggaraan kongres tahunan PSSI demi menuntut kembali diakuinya Persebaya.

Tahun 2015 PSSI yang akhirnya diketuai La Nyalla Mataliti, tetap tak mengakui keberadaan Persebaya. Hingga akhirnya PT Persebaya Indonesia menggugat Persebaya tandingan di Pengadilan Negeri Surabaya demi mengembalikan status mereka.