Gomez datang saat Johor Darul Takzim (JDT) berstatus juara bertahan Liga Super Malaysia 2014. Tahun pertamanya menangani tim berjuluk Harimau Selatan itu, Gomez telah membuat rekor.

Gomez berhasil membawa JDT keluar sebagai kampiun Liga Super Malaysia untuk kedua kalinya secara beruntun. Namun rekor yang lebih menyilaukan adalah tatkala JDT keluar menjadi jawara Piala AFC di tahun yang sama.

Pada final Piala AFC 2015, wakil Tajikistan, Istiklol tunduk 0-1 di tangan JDT. Kesuksesan ini membuat JDT menjadi klub Asia Tenggara pertama yang meraih trofi bergengsi di turnamen Asia.

Selang dua musim berikutnya, JDT mengakhiri kerja sama dengan Gomez. Dalam kurun waktu dua tahun membesut Harimau Selatan, Gomez memborong enam trofi ke Stadion Tan Sri Dato Haji Hassan Yunos.

"Saya ingin mengumumkan bahwa JDT dan Mario Gomez telah sepakat untuk memulai jalan yang terpisah," kata Presiden JDT, Tunku Tun Aminah Sultan Ibrahim dinukil dari espnfc.

"Keputusan ini diambil untuk kemajuan klub, karena filosofi dan arahan klub sangat penting bagi hal lain. Meskipun demikian, saya ingin mengambil kesempatan ini untuk menyampaikan penghargaan terbesar saya kepada pelatih legendaris atas kontribusinya yang luar biasa kepada klub tersebut," pungkas sang presiden.