Walau tak begitu gemilang di Swiss, Gattuso tetap menjadi daya tarik tersendiri bagi klub asal Sisilia, US Palermo. Ketika itu, mantan klub Edinson Cavani tersebut bermain di Serie B. Satu bulan setelah pemecatan di FC Sion, dia langsung menjabat sebagai pelatih di Palermo. Tetapi lagi-;agi jalan terjal menghadang. Dari enam laga, ia hanya bisa mempersembahkan 2 kemenangan, 3 kekalahan, dan 1 imbang. 

Mengingat presiden Palermo saat itu, Maurizio Zamparini terkenal kejam terhadap pelatih klubnya, ia pun langsung dipecat tak lebih dari enam laga.