Pada tahun 2015 ia kembali bekerja di Italia dengan menukangi klub kecil, Pisa. Ia melatih dari Agustus 2015 hingga Juni 2017. Di bawah komando Gattuso, klub asal kota yang identik dengan Menara Pisa itu harus terdegradasi ke Serie C setelah sebelumnya menjadi juru kunci di Serie B musim 2016-2017. Ia pun kembali mundur dari jabatan pelatih klub.