Klub berjuluk The Dons ini merupakan salah satu klub tertua Inggris. Wimbledon berdiri pada 1889 silam. Di era 90-an, Wimbledon termasuk salah satu tim papan tengah yang cukup lama bertahan di kerasnya Liga Primer Inggris. Sejak berganti format, Wimbledon merasakan sengitnya Liga Primer Inggris sejak 1992 hingga 1999.

Padahal Wimbledon di era tersebut hanya bermaterikan pemain-pemain kelas 2. Pada musim 1996/97 misalnya, dengan hanya menggelontorkan dana sebesar 1,7 juta poundsterling, Wimbledon di akhir musim mampu bertengger di peringkat ke-8.

Striker asing mereka saat itu, Efan Ekoku asal Nigeria mampu menjadi mesin gol yang cukup menakutkan klub lain. Bahkan pada musim tersebut, Wimbledon meraih kemenangan terbesarnya dengan mengalahkan Chelsea 4-2, Ekoku saat itu mencetak 1 gol. Selain nama Ekoku, pemain Wimbledon yang juga jadi sorotan tentu saja gelandang bertahan mereka yang terkenal beringas, Vinnie Jones.

Setelah terdegradasi pada musim 1999/2000, AFC Wimbledon saat ini seperti data dari whoscored.com (21/12/2017) tengah bertarung lepas dari zona degradasi League One. Wimbledon yang sudah berganti nama menjadi AFC Wimbledon tersebut hingga pekan ke-21 hanya mengantongi 21 poin hasil dari 5 kali menang, 5 kali imbang, dan 11 kali kalah.

AFC Wimbledon sendiri merupakan klub buatan suporter Wimbledon yang tak puas dengan peleburan klub tua itu menjadi klub MK Dons pada 2004 silam. Pete Winkelman dari The Milton Keynes kemudian membeli saham mayoritas Wimbledon FC.