Atalanta menjadi salah satu klub yang terlibat kasus pengaturan skor di Liga Italia pada musim 2011/12. pada musim tersebut atalanta tidak sendiri, setidaknya 15 klub di Serie A dan Serie B terlibat kasus pengaturan skor dan pertandingan.

Atalanta sendiri harus kehilangan 6 poin di musim tersebut dan salah satu pemain tengah mereka, Cristiano Doni harus mendekam di penjara dan dilarang melakukan kegiatan sepakbola selama 3 tahun. Doni dinyatakan bersalah setelah dirinya diketahui berhubungan dengan kelompok kriminal di Singapura dan Eropa Timur.

Kasus ini menjadi salah satu kasus pengaturan pertandingan terbesar selain kasus Calciopoli di tahun 2006 yang melibatkan 4 klub besar yakni Milan, Fiorentina, Juventus, dan Lazio.