PSMS Medan bermain dengan apik di dua laga Grup A Piala Presiden 2018. PSMS memetik kemenangan dengan skor 2-1 atas PSM Makassar. Gol dari Suhandi dan Antony Nugroho hanya dibalas oleh satu gol dari Guy Junior. 

Di laga kedua, PSMS membuat kejutan dengan menjungkalkan tuan rumah Persib Bandung dengan skor 2-0. Dua gol dengan jarak waktu yang tak begitu jauh dicetak Frets Butuan dan Antoni Putri di babak pertama. Selain dua gol tersebut, penampilan apik penjaga gawang Abdul Rohim yang mementahkan banyak peluang Maung Bandung, menjadi faktor penting dalam kemenangan PSMS Medan. 

Meski tampil apik di dua laga sebelumnya, PSMS harus menderita kekalahan di partai pamungkas. PSMS dikalahkan Sriwijaya FC dengan dua gol tanpa balas. Kekalahan itu membuat PSMS Medan bercokol di posisi kedua klasemen akhir Grup A. Tapi, PSMS dinyatakan lolos ke babak delapan besar sebagai salah satu runner up terbaik. Hal ini dikarenakan enam poin dari PSMS tak akan bisa disusul oleh runner up Grup B dan Grup E.