Jika orang Indonesia mendengar klub yang satu ini, mungkin beranggapan bahwa tim sepakbola ini penghasil koper, yang dikenal sebagai wadah tertutup yang digunakan sebagai tempat menyimpan pakaian dan barang lainnya yang dapat dibawa dalam perjalanan. Namun itu salah, FC Koper atau yang disingkat Koper merupakan klub asal Slovenia.

Klub yang bermarkasi di Bonifika Stadium ini secara resmi bergabung dibentuk pada tahun 1955 dengan nama NK Koper. NK Koper merupakan hasil meger dua klub sepakbola di wilayah Koper, Slovenia, yakni Aurora dan Meduza. Koper pernah sekali menjuarai Liga Slovenia yakni di musim 2009/2010.