Dalam laga perdelapan final Liga Eropa musim 2015/2016, Dortmund berhasil mengalahkan Tottenham Hotspur dengan Aggregate 5-1. Auabameyang menjadi momok yang menakutkan bagi Hotspur di kala itu. Saat leg 1 yang terjadi pada 11 Maret 2016 di Westfalenstadion, markas Dortmund, Spurs harus mengakui keunggulan lawannya dengan skor 3-0. 

Saat itu Aubameyang berhasil mencetak gol di babak pertama di menit ke-30. Begitu juga saat kedua tim bentrok di leg kedua babak perdelapan final itu. Spurs kembali kalah di rumah sendiri pada 18 Maret 2016 dengan skor 1-2. Bahkan Aubameyang memborong seluruh gol Dormund dalam pertandingan saat itu.