Berbeda dengan babak perempatfinal, semifinal Piala Presiden 2018 mengusung format home away. Persija sendiri di babak semifinal berhadapan dengan PSMS Medan, tim promosi dari Liga 2 yang juga impresif di Piala Presiden 2018.

Meskipun mengusung format home away, laga Persija vs PSMS dalam babak semifinal sendiri hanya berlangsung di satu tempat saja, yakni Stadion Manahan, Solo. Hal itu terjadi lantaran baik Persija dan PSMS tidak memiliki stadion kandang yang dinilai layak sesuai regulasi.

Pada laga leg pertama yang berlangsung 10 Februari 2018, Persija tampil trengginas sejak peluit dibunyikan oleh wasit. Hasilnya, setelah 90 menit waktu normal, Persija keluar sebagai pemenang dengan skor telak 4-1. Marko Simic di laga tersebut mencetak hattrick.

Berada di atas angin lantaran sudah menang besar, Persija bermain lebih santai di leg kedua pada 12 Februari 2018 lalu. Meski bermain santai, Persija nyatanya kembali berhasil meraih kemenangan 1-0, yang membuat klub kelahiran 12 November 1928 itu unggul agregat 5-1.