Pada tahun yang sama Song Lam Nghe An berjumpa lagi dengan wakil Indonesia, yakni Persipura Jayapura. Pertemuan keduanya berlangsung di babak perempatfinal Piala AFC 2011 lalu.

Dalam pertandingan bergengsi tersebut Persipura Jayapura berhasil keluar sebagai pemenang usai mengalahkan klub yang berdiri pada 1979 silam ini 3-1.

Pada laga tersebut gol Mutiara Hitam berasal dari dwigol Boaz Solosssa (29' [PG] dan 84') dan gol tunggal dari Titus Bonai (34'). Sedangkan tim lawan cuma bisa membalas lewat gol tunggal Nguyen Hong Viet (58').

Persija sendiri bisa menjadikan kemenangan Persipura Jayapura ini sebuah contekan yang bagus. Terlebih lagi laga tersebut sudah memasuki babak perempatfinal yang begitu rawan. Sehingga Persija sudah diberi kemudahan dalam menganalisa sistem permainan Song Lam Nghe An.