Bayern Munchen kembali menjadi penghalang bagi Arsenal pada musim berikutnya. Pada musim 2013/14, Munchen tampil begitu meyakinkan setelah menyingkirkan Arsenal dengan agregat 3-1.

Munchen berhasil menumbangkan Arsenal di Emirates Stadium dengan skor 2-0. Meski menuai hasil imbang 1-1 di pertemuan kedua, namun tim berjuluk The Bavarians tersebut pun dapat dipastikan lolos ke babak selanjutnya.