PSIS Semarang cukup dikenal di era perserikatan. Sebagai tim tradisional, PSIS mungkin bisa digolongkan tim besar. Namun, di era penyatuan Liga Indonesia yang dimulai pada tahun 1994, PSIS bukanlah tim spesial. 

Namun begitu, PSIS berhasil menorehkan salah satu prestasi yang tidak bisa dilupakan dalam sejarah persepakbolaan nasional. Tampil terseok-seok di musim 1998/99, PSIS justru tampil sebagai juara di akhir musim. 

Di awal musim mereka dililit persoalan finansial. Dengan modal terbatas, mereka tak mampu mengontrak pemain-pemain bagus. Beruntungnya, mereka mendapat 'hibah' dari bubarnya klub Arseto Solo. Para pemain Arseto menyebrang ke PSIS. PSIS pun berhasil mengontrak tiga pemain asing murah yang ternyata mampu berkontribusi besar.

Walau penampilannya tak begitu dominan, PSIS akhirnya mampu melaju ke babak final menantang Persebaya Surabaya. Di final pun mereka kembali tak diunggulkan. Namun, dewi keberuntungan memang berpihak pada PSIS. Mereka berhasil menang dengan skor 1-0 di partai puncak.