Setelah memutuskan pensiun sebagai pesepakbola, Stokowiec pun langsung memutuskan untuk menjadi seorang pelatih.

Wigry Suwalki menjadi klub pertamanya dalam karier kepelatihannya. Namun dirinya hanya bertahan satu musim saja di kursi kepelatihan Wigry Suwalki.

Dirinya pun memilih untuk menjadi asisten pelatih bersama Pawel Janas di Widzew Lodz. Stokowiec menghabiskan tiga musim sebagai seorang asisten pelatih.