Pada musim 2010, Stokowiec memilih untuk menahkodai Polonia Warsawa. Bersama klub tersebut lah Stokowiec pernah merasakan degradasi.

Namun hal itu bukan sepenuhnya karena kinerja Stokowiec. Padahal Stokowiec telah membawa Polonia Warsawa ke posisi enam klasemen akhir musim 2012/13.

Tapi karena masalah tunggakan finansial yang membuat Polonia Warsawa harus turun kasta pada musim selanjutnya.