Kehilangan Ilham Jaya Kesuma sangat merugikan Timnas Indonesia. Bagaimana tidak, ia adalah striker paling menakutkan yang dimilik Indonesia di masanya saat itu. Dua gelar top skor Indonesia bersama Persita di musim 2002 dan 2004 adalah bukti betapa tajamnnya striker yang dijuluki Inzaghi Indonesia ini. 

Pencapaian tertinggi Ilham bersama Timnas adalah di Piala Tiger 2004. Ilham mencatatkan diri sebagai pencetak gol terbanyak Piala Tiger 2004 dengan torehan tujuh gol.  

Namun, kariernya meredup setelah dirinya memutuskan menerima pinangan klub Malaysia. Ia dihantam cedera lutut parah yang membuatnya menepi lama dan diputus kontraknya.

Di musim 2008-2009 ia sempat memperkuat Persisam Samarinda. Namun, penampilannya sudah tak sehebat dulu. Ia pun sempat bermain di beberapa klub dalam waktu singkat sebelum akhirnya memutuskan pensiun di usia 33 tahun.