Saat masih aktif di lapangan hijau, Jaya Hartono pernah membela tim-tim seperti Mitra Surabaya, BPD Jateng, Gresik United dan Persik Kediri. Namun prestasi terbaiknya datang saat ia membela Niac Mitra dan menjadi juara di tahun 1987 dan runner-up di tahun berikutnya.

Setelah pensiun, Jaya Hartono si pelatih mulai dikenal saat ia mengarsiteki Persik Kediri. Masih dapat dibilang sebagai 'anak baru' dalam kepelatihan, Jaya mampu membawa tim Macan Putih ke podium juara pada tahun 2003.

Selain Persik, Jaya juga pernah dipercaya melatih tim-tim besar lainnya seperti Persiba Balikpapan, Deltras Sidoarjo, Persib Bandung dan Persija Jakarta. Tapi, seperti Kas Hartadi, Jaya masih belum mendapatkan panggilan untuk menjadi pelatih Timnas.