Sejarah pertemuan antara klub Indonesia menghadapi Malaysia di Piala AFC berawal pada 17 Maret 2009, saat itu tersaji laga antara klub asal Medan PSMS dengan Johor FC (klub yang kini berganti nama menjadi Johor Darul Takzim).

Dalam laga yang berlangsung di Stadion Gelora Sriwijaya Palembang itu, wakil Malaysia berhasil unggul terlebih dahulu lewat gol Azuwad Arip di menit ke-21. Namun di babak kedua Ayam Kinantan berhasil membalikkan keadaan lewat tiga gol yang mereka cetak.

Elie Aiboy menjadi sosok kunci kemenangan PSMS kala itu. Pemain kelahiran Jayapura itu berhasil mencetak dua gol, sementara satu gol lagi dicetak playmaker asal Brasil Leonardo Zada.

Keperkasaan PSMS atas Johor dalam Piala AFC tahun itu bukan hanya terjadi di pertandingan tersebut, namun juga ketika bertandang ke Negeri Jiran. Di kandang Johor, Ayam Kinantan juga berhasil menekuk lawannya itu dengan kemenangan satu gol tanpa balas.