Di babak kedua, Borneo FC mulai menampilkan permainan menyerang guna bisa mengejar ketertinggalan. Namun, para pemain PSIS masih fokus mengawal lini pertahanan dan menggagalkan serangan para pemain Borneo FC.

Pelatih PSIS Semarang, Vicento Alberto Annese melakukan pergantian guna mempertahan keunggulan dari skuat Borneo FC. Di menit ke-55, Annese menarik keluar penyerang Aldair Makatindu dan memasukan Komarudin.

Begitu juga dengan Borneo FC, pelatih Dejan Antonic melakukan dua pertantian yakni Srdan Lopicic dan Lerby Eliandri keluar dan memasukan Sultan Samma dan Mahadirga Lasut. Namun, usaha tersebut belum membuahkan hasil.

Di menit ke-90, bek tangguh Borneo FC, Leonard Tupamahu, harus rela menerima kartu kuning kedua dari wasit karena bermain sedikit keras. Mantan pemain Persija Jakarta itu melakukan pelanggaran keras kepada pemain PSIS Semarang.

Hingga wasit meniup peluit akhir di babak kedua, tak ada lagi gol yang tercipta. Tuan rumah PSIS Semarang berhasil memenangkan pertandingan dengan skor akhir 1-0.