Indonesia kembali mengambil inisiatif serangan di awal babak kedua. Di menit ke-58, Supriadi memberikan umpan silang tajam, namun bola berhasil diamankan kiper Malaysia.

Sama seperti di babak pertama, Malaysia lebih sering bermain dengan serangan balik. Namun, usaha Harimau Malaya masih bisa digagalkan barisan pertahanan Indonesa. 

Timnas Indonesia U-16 yang dimotori Sutan Zico terus mencari ruang untuk menyerang. Di menit 60', Supriadi melepaskan tendangan keras dari tepi luar kotak penalti. Sayang sekali tembakannya masih melebar tipis di sisi atas tiang gawang. 

Indonesia mendapatkan penalti di menit ke-70 usai Supriadi dijatuhkan oleh kiper Malaysia. Bagus Kahfi yang menjadi eksekutor berhasil melakukan tugasnya dengan baik. Indonesia memimpin 1-0. 

Indonesia masih mendapat sejumlah peluang emas di babak kedua. Namun, hingga peluit akhir babak kedua dibunyikan, tak ada lagi gol yang tercipta di antara kedua tim. Indonesia menang 1-0 dan melenggang ke final.