Selepas hancurnya Yugoslavia pada tahun 2003. Negara-negara baru pun muncul satu persatu, salah satunya adalah Serbia and Montenegro pada tahun 2003. Stankovic yang lahir di bagian Serbia pun resmi menyandang kewarganegaraan Serbia di tahun yang sama.

Menariknya, tak butuh lama bagi negara ini untuk bisa mengikuti kompetisi sepak bola Eropa dan Dunia. Buktinya, mereka mampu mengikuti kualifikasi Piala Eropa dan Piala Dunia, walau usia negara tersebut, belum menginjak satu tahun.

Tak ayal, Stankovic yang telah mengantongi kewarganegaraan Serbia and Montenegro, bisa membela negara barunya tersebut dengan sah. Uniknya, Stankovic berhasil memimpin negaranya untuk melenggang ke Piala Dunia 2006.

Sayang, dari tiga pertandingan di fase grup, Serbia and Montenegro harus tertunduk malu, setelah gagal meraih satupun kemenangan. 

Stankovic sendiri, telah memainkan 24 laga bersama Serbia and Montenegro dan berhasil mencetak tiga gol dan tiga assist. Di Piala Dunia 2006 sendiri, ia bermain penuh dalam tiga pertandingan fase grup.