Tak Berbeda dengan babak pertama, laga di babak kedua juga berjalan dalam tempo tinggi. Sejumlah pergantian pemain juga dilakukan oleh kedua tim demi menambah daya gedor. 

Persebaya terlihat lebih menguasai jalannya pertandingan. Di menit ke-62 Persebaya mendapat peluang melalui M.Irvan. 

Sayang, tembakan kerasnya dari luar kotak penalti masih mengarah ke penjaga gawang Borneo FC. 

Persebaya terus menekan. Di menit ke-83 Fandi Eko melepaskan tendangan jarak jauh. Namun, tendangan kerasnya masih bisa diamankan kiper Borneo. 

Hingga wasit meniupkan peluit akhir pertandingan skor 1-0 untuk keunggulan Borneo tetap bertahan .