Pemain kelahiran Jayapura ini adalah sosok yang sangat dihormati oleh pemain Timnas Indonesia di era 2000-an. Bermain untuk Timnas Indonesia lebih dari 40 kali menjadi bukti bahwa Elie Aiboy merupakan senjata utama di sisi sayap.

Salah satu golnya yang paling diingat adalah ketika ajang Piala Asia 2007, Elie Aiboy sempat membuat Indonesia menahan Arab Saudi sebelum akhirnya kalah di menit akhir. Gol yang ia cetak sangatlah indah dan membekas karena berhasil menggocek kiper lawan sebelum mencocorkan bola ke pojok gawang.

Catatan 8 gol yang dicetak selama membela Timnas Indonesia adalah bukti lain bahwa dirinya adalah sosok yang berdedikasi bagi negaranya. Bahkan menjelang masa pensiunnya, Elie Aiboy masih sempat bermain untuk Timnas Indonesia pada ajang Piala AFF 2002.