Kiper berkepala plontos ini terkenal dan mulai dipercaya menjadi kiper utama Timnas Indonesia sejak ajang Piala Asia menghadapi Korea Selatan. Penampilan gemilang Markus Horison menjadi alasan mengapa Korea Selatan hanya bisa mencetak satu gol yang sekaligus menahbiskan dirinya sebagai salah satu pemain terbaik Asia.

Markus Horison tercatat menjadi kiper utama Timnas Indonesia di dua edisi Piala AFF (2008 & 2010). Dari kedua edisi tersebut, prestasi terbaik Markus Horison adalah membawa Timnas Indonesia mencapai babak final Piala AFF 2010.

Bahkan Markus Horison sempat menjadi bagian dari skuat Timnas Indonesia yang mampu menaklukan Thailand untuk pertama kalinya setelah tahun 1998. Keunggulan yang dimiliki oleh Markus Horison terletak pada anitisipasi bola-bola atas yang selama ini kerap menjadi masalah di lini belakang Timnas Indonesia.