Klub terakhir adalah Persipura Jayapura yang terlibat masalah dengan PSSI sendiri. Demi tampil di Liga Champions Asia 2012, yang saat itu menjadi juara Liga Indonesia musim 2011/12, harus menempuh jalur hukum.

Setelah mengadu pada Court of Arbitration for Sports (CAS), Persipura pun mendapatkan hak mereka berlaga di Liga Champions Asia, yang dimulai dari babak pertama play-off.

Persipura Jayapura pun langsung terhenti di babak pertama play-off, saat mereka kalah 3-0 dari wakil Australia, Adelaide United. Setelah kalah, Persipura pun tidak ada jatah juga ke Piala AFC.