Stefano Lilipaly menjadi pemain andalan Timnas Indonesia dalam beberapa tahun terakhir. Meski berbeda pelatih, pemain milik Bali United tersebut selalu menjadi pilihan utama di Timnas Indonesia dalam dua edisi terakhir Piala AFF.

Kontribusi Lilipaly pun terbilang cukup membantu produktivitas Timnas Indonesia. Salah satu yang paling diingat adalah ketika dirinya mampu mencetak gol ke gawang Vietnam di semifinal Piala AFF 2016. Gol itu akhirnya membantu Skuat Garuda lolos ke partai puncak pada ajang itu.

Bahkan jasa mantan pemain Persija Jakarta tersebut sempat dibutuhkan saat Timnas Indonesia U-23 bertarung di Asian Games 2018 lalu. Sebagai pemain senior, Lilipaly memberikan dampak besar meski tak mampu membawa Timnas Indonesia mencapai target.