Turnamen kedua yang berhasil dimenangkan selama masa kepemimpinan Edy Rahmayadi di PSSI adalah Jenesys Jepang 2018. Ajang tersebut diikuti oleh 12 peserta termasuk Timnas Indonesia U-16 dan dilangsungkan di negeri matahari terbit, Jepang.

Timnas Indonesia U-16 yang tergabung satu grup dengan Kamboja dan Filipina, berhasil lolos dengan status juara grup setelah menang dua kali. Di babak semifinal, Indonesia U-16 berhasil menciptakan kejutan dengan mengalahkan Jepang lewat gol semata wayang Sutan Zico.

Timnas Indonesia U-16 akhirnya berhasil menjadi juara di turnamen Jenesys Jepang 2018 setelah di babak final mengalahkan Vietnam dengan skor 1-0. Rendy Juliansyah kembali menjadi pahlawan dengan berhasil mencetak satu-satunya gol di babak final.