Kasus berbeda terjadi pada edisi 2001. Tidak ada klub yang mengundurkan diri di awal musim, tapi begitu sudah bergulir malah muncul permasalahan serius yang menimpa salah satu wakil Kalimantan, Putra Samarinda.

Klub asal ibu kota Provinsi Kalimantan Timur ini menarik diri setelah merampungkan 13 pertandingan. Alasannya yaitu kecewa dan merasakan ketidakadilan setelah dirugikan dalam sejumlah laga Liga Indonesia.

Gara-garanya, Pusam tak terima pemainnya yang bernama Irlendi dijatuhi sanksi larangan bermain selama setahun ditambah denda sebesar satu juta rupiah. Hukuman ini merupakan buntut insiden kebrutalan saat bertandang ke markas Persma Manado di Stadion Klabat.