Awal babak kedua berjalan dengan tempo yang hampir sama dengan babak pertama. Persib Bandung masih berusaha untuk mencetak gol kedua. 

Ezechiel Ndouasel yang menjadi target man, berusaha untuk menciptakan gol meski peluang yang ia dapatkan gagal membuahkan hasil. 

Menit ke-61 Persib Bandung nyaris menggandakan keunggulan, sontekan dari Ghozali Siregar berhasil disapu oleh bek Borneo di garis gawang. 

Borneo FC akhirnya bisa menyamakan kedudukan pada menit ke-70. Umpan dari Sutan Samma ke kotak penalti, disambar dengan tendangan first time oleh Javlon Guseynov. 

Peluang emas kembali hadir bagi Borneo FC pada menit ke-76. Rifal Lastori dengan sprint-nya masuk ke kotak penalti, ia lalu melepaskan bola ke tiang jauh.

Tetapi sayang, Terens Puhiri gagal menceploskan bola ke dalam gawang dan bola melambung tinggi. Lerby Eliandri mendapat giliran pada menit ke-81, tetapi sundulan yang ia lepaskan masih tipis melebar di samping gawang. 

Persib Bandung mendapat hadiah penalti pada menit ke-84, padahal bola mengenai dada Renan Silva, namun wasit tidak menanggapi protes dan tetap menunjuk titik putih. 

Ezechiel Ndouasel yang menjadi algojo berhasil mengecoh Nadeo Arga Winata dengan tendangan kerasnya. Persib kini unggul 2-1 dan agregat menjadi imbang 3-3. 

Borneo FC akhirnya menyamakan kedudukan saat pertandingan memasuki injury time lewat tendangan bebas. Lerby Eliandri mengeksekusi tendangan bebas dengan sangat apik dan bola melengkung ke pojok gawang M Natshir. 

Saat menit terakhir injury time, terjadi sebuah kemelut di depan gawang Borneo FC. Supardi berhasil membobol gawang Borneo FC dan unggul dengan skor 3-2. 

Agregat pertandignan menjadi 4-4, Borneo FC tetap lolos ke semifinal karena berhasil mencetak 2 gol di kandang Persib Bandung.