Cerita indah melawan Ronaldo bersama PSV tidak diikuti nasib Persma Manado setelah promosi ke Divisi Utama. Sempat menduduki papan tengah di musim 1996/97 dan runner up Wilayah Timur 1997/98 (kompetisi berhenti karena kesuhan Mei 1998), Persma Manado perlahan mulai meredup.

Larangan penggunaan APBD dalam pengelolaan sepak bola membuat Persma Manado kehilangan suntikan dana. Mereka bahkan harus ‘disuntik mati’ oleh PSSI atas rekomendasi FIFA karena masalah tunggakan gaji pemain asing.

Persma Manado dicoret dari keanggotaan PSSI dan nama ‘Persma Manado’ tidak boleh lagi digunakan. Sepak bola Sulawesi Utara, khususnya Manado, lantas seakan hilang ditelan bumi.

Pada tahun 2013, Persma Manado berusaha dibangkitkan kembali melalui klub Persma Manado 1960. Mereka mulai merangkak dari Liga Nusantara zona Sulawesi Utara.

Pelatih Indra Sjahri bahkan sempat didatangkan pada 2018 untuk berkenan menyeleksi dan membangun pondasi skuat Persma Manado ‘reborn’.

Di Liga Nusantara 2016, Persma Manado 1960 berhasil menembus babak nasional. Perjuangan mereka ke sana bahkan diwarnai peristiwa unik.

Pada babak semifinal zona Sulawesi Utara melawan Persbit Bitung, fullback Jecky Runtulalo terpaksa menjadi penjaga gawang saat adu penalti karena kiper Persma Manado 1960 mengalami cedera.

Pada Liga 3 2018, Tim Badak Biru, julukan Persma Manado 1960, kembali berjuang dari zona Sulawesi Utara. Namun sayangnya, mereka masih kalah bersaing dengan tim lain.