Secara prestasi, Timnas Indonesia adalah tim paling sukses di Piala Kemerdekaan. Skuat Garuda meraih 3 kali gelar juara, 2 kali runner up, dan 2 kali peringkat ke-3. 

Pada edisi kedua atau pada 1986, Indonesia mencapai posisi runner-up setelah dikalahkan oleh Aljazair. Timnas Indonesia akhirnya menjuarai Piala Kemerdekaan pertama kali pada tahun 1987 usai menang 2-1 lewat babak extra time atas Aljazair.

Gelar kedua dimenangkan Timnas Indonesia pada tahun 2000 saat menang 3-0 melawan Libya U-23. Sedangkan gelar terakhir diraih di turnamen terakhir pada tahun 2008. 

Sayangnya, gelar terakhir ini sempat diwarnai kontroversi. Pada saat pertandingan, Libya sebenarnya unggul 1-0 atas Timnas Indonesia yang diperkuat Markus Horison, Charis Yulianto, Bambang Pamungkas, Ponaryo Astaman, Elie Aiboy, dkk.  

Sayangnya, gelar ini sempat diwarnai kontroversi. Pada saat pertandingan, Libya U-23 sebenarnya unggul 1-0 atas Timnas Indonesia yang diperkuat Markus Horison dkk. 

Tetapi Libya yang mengkritik kepemimpinan wasit, memilih untuk walk out dan tak mau melanjutkan pertandingan babak kedua. 

Meski begitu, secara keseluruhan Timnas Indonesia di Piala Kemerdekaan 2008 tampil baik dengan mencetak 11 gol di bawah asuhan Benny Dollo. Karena Lybia yang mogok bertanding, wasit yang memimpin laga tersebut, Shahabuddin Mohd Hamiddin pun memutuskan memberikan kemenangan Walk Out (WO) 3-0 kepada Indonesia atas Libya.