Beto resmi menjadi WNI pada 2018, setelah 12 tahun berkarier di Tanah Air dan punya istri asal Indonesia. Dia menjalani debut di tahun yang sama bersama timnas saat uji coba lawan Myanmar dan turut mencetak satu gol dalam kemenangan 3-0.

Meski masuk timnas Indonesia ketika usia senja, Beto Goncalves mampu membuktikan kualitasnya. Salah satu peran yang patut diingat adalah ketika ia mengisi slot pemain senior di skuat timnas Indonesia U-23 dalam ajang Asian Games 2018.

Beto menjadi salah satu pemain tersubur di pasukan Luis Milla dengan membukukan empat gol. Dia membawa Indonesia lolos ke babak 16 besar sebelum dikalahkan oleh Uni Emirat Arab.

Sejauh ini, Beto Goncalves sudah memainkan 12 pertandingan bersama timnas Indonesia dan mencetak 10 gol berdasarkan catatan Transfermarkt.