Natanael Siringoringo baru resmi menjadi pemain sepak bola profesional pada 2019 lalu. Saat itu ia mendapatkan dikontrak oleh klub Liga 2 yaitu PSMS Medan.

Sebelumnya, Natanael Siringoringo sempat berkarier sebagai pemain futsal. Ia pernah ikut Liga Profesional Futsal (Pro Futsal League) pada 2018 bersama SFR FC Binjai.

Bakatnya bermain futsal juga sempat tercium oleh pelatih timnas futsal Indonesia, Kensuke Takahashi. Pelatih asal Jepang itu memanggil Natanael Siringoringo untuk mengikuti seleksi timnas futsal Indonesia U-20.