Untuk tahun ini, PSSI memutuskan meniadakan putaran regional Liga 3 2021 karena masih dalam pandemi virus corona. Nantinya, perwakilan provinsi akan langsung masuk ke putaran nasional yang diikuti 64 klub.

Sementara itu, PSSI memutuskan ada delapan klub dari Liga 3 musim ini yang akan promosi ke Liga 2 tahun depan. Lebih banyak ketimbang edisi 2019 (6).