Sejarah mencatat Persmin Minahasa eksis di kasta tertinggi selama tiga musim era Divisi Utama, tepatnya periode 2005-2007. Mereka meraih tiket promosi 'gratisan' pada pengujung 2004 lantaran Divisi Utama hendak menambah jumlah klub dari tadinya 18 menjadi 28. 

Dikatakan promosi 'gratis' lantaran kala itu Persmin bahkan tidak lolos ke babak 6 besar Divisi 1 2004 yang nantinya mengumbar tiga tiket promosi ke Divisi Utama, sebelum kemudian PSSI mengubah kebijakan menambah jumlah klub sekaligus kembali memakai format wilayah. 

Namun, promosi 'gratis' tak lantas membuat Persmin menjadi anak bawang di Divisi Utama Liga Indonesia. Mereka diketahui pernah terbang tinggi pada edisi 2006

Persmin menjuarai Grup Timur lalu melangkah jauh sebelum mentok di semifinal akibat digebuk Persik Kediri (1-3) yang belakangan keluar sebagai kampiun. 

Sayang, Persmin menelan pil pahit berselang semusim kemudian. PSSI kembali merombak format kompetisi dan mengubahnya dari Divisi Utama menjadi Liga Super Indonesia (LSI) pada pengujung edisi 2007. 

Klub peserta yang tadinya berjumlah 36 dipangkas separuhnya menjadi cuma 18. Persmin sebenarnya berhak atas satu slot karena memenuhi syarat bertengger di posisi 9 Besar klasemen akhir Divisi Utama 2007. 

Meski begitu, belakangan Persmin yang notabene menduduki peringkat kedelapan klasemen akhir Grup Timur Divisi Utama 2007 batal mentas di Liga Super Indonesia akibat didiskualifikasi bersama Persiter Ternate (peringkat 6). Jadilah mereka terjebak di kasta bawah hingga saat ini.