Melansir dari laman Daily Star, pada 2007 ia akhirnya pindah secara permanen ke klub Siprus, APOEL FC. Ia direkrut klub juara Siprus itu dengan status bebas transfer.

Selama berseragam APOEL, ia berhasil meraih 16 gelar juara, sembilan di antaranya merupakan gelar juara Liga Siprus.

Morais menjadi bagian integral APOEL dalam merengkuh banyak trofi juara selama 12 tahun berkarier di klub yang bermarkas di GSP Stadium tersebut.

Ia juga berhasil membawa APOEL melenggang hingga babak perempat final Liga Champions pada musim 2011/2012 sebelum disingkirkan Real Madrid dengan agregat 5-2.

Morais pensiun pada Juli 2019, di usia 35 tahun dan mengakhiri kariernya sebagai pemain dengan caps terbanyak sepanjang masa APOEL dengan mencatatkan 524 penampilan. Ia juga berhasil menorehkan 49 gol dan delapan asis di seluruh kompetisi.