Berikut daftar lengkap grup putaran nasional Liga 3 2021:

Persikota Tangerang tuan rumah Grup A dan Grup B

Grup A

• Persikota Tangerang
• Perseman Manokwari
• Galaticos FC
• Persikasi Bekasi

Grup B

• Belitong FC
• Persilobar
• Panipi Raya FC
• Persida Sidoarjo

Persikab Kabupaten Bandung tuan rumah Grup C dan Grup D

Grup C

• Persikab Kabupaten Bandung
• 757 Kepri Jaya FC
• ASIOP
• Karo United

Grup D

• Persikutim Kutai Timur
• Benteng HB FC
• Gasliko 50 Kota
• Putra Delta Sidoarjo (Putra Jombang)

PSGC Ciamis tuan rumah Grup E dan Grup F

Grup E

• PSGC Ciamis
• Persipal Palu
• Gabsis Sambas
• PS Tanbu Putera

Grup F

• Mataram Utama FC
• PS Sandeq Polman
• Persisam United
• Citeureup Raya FC

Persipa Pati tuan rumah Grup G dan Grup H

Grup G

• Persipa Pati
• Gasko Kolaka
• PS Bangka Setara
• Union Makes Strength atau UMS 1905

Grup H

• PS Palembang
• PSKB Bukittinggi
• PS Jembrana
• Persak Kebumen

Gresik United  tuan rumah Grup I dan Grup J

Grup I

• Gresik United
• Persemar Martapura
• Perseden Denpasar
• Alesha FC

Grup J

• PS Siak
• AD Sport FC Lampung
• Sleman United
• PCB Persipasi Bekasi

Deltras Sidoarjo tuan rumah Grup K dan Grup L

Grup K

• Deltras Sidoarjo
• Persmin Minahasa
• Jambi United
• Tornado FC Pekanbaru

Grup L

• Persidago Gorontalo
• Gasma Enrekang
• PS Bima Sakti
• PSLS Lhokseumawe

Persedikab Kabupaten Kediri tuan rumah Grup M dan Grup N

Grup M

• Persedikab Kabupaten Kediri
• Persihalsel Maluku Utara
• Bandung United FC
• YOB Belawan

Grup N

• PSBL Langsa
• Persitoli Tolikara
• Persebi Boyolali
• Persewangi Banyuwangi

NZR Sumbersari tuan rumah Grup O dan Grup P

Grup O

• NZR Sumbersari FC
• Batavia FC
• Farmel FC
• Serpong City FC

Grup P

• Maluku FC
• PSDS Deli Serdang
• Persigubin Gunung Bintang
• Persinga Ngawi