Kiprah Indra Mustafa bersama Persib Bandung ternyata sampai membuatnya mendapatkan panggilan Timnas Sepak Bola Indonesia. Ia masuk ke dalam Timnas Indonesia U-19 di ajang Piala Asia U-19 2018.

Nama Indra Mustafa juga sempat mendapat panggilan Timnas Indonesia U-22 yang menjuarai Piala AFF U-22 2019.

Namun sayang, Indra Mustafa kemudian tidak menjadi bagian tim itu, lantaran mendapat pencoretan pelatih beberapa hari sebelum kompetisi dimulai.

Pada kompetisi Liga 1 2019, Indra Mustafa mendapatkan kesempatan tampil dalam enam pertandingan, sedangkan di kompetisi 2021-2022 dia hanya tampil dalam satu laga menghadapi Persiraja Banda Aceh.