Usai gantung sepatu, Ten Hag menjajal dunia kepelatihan. Klub pertama yang ia tangani adalah tim akademi FC Twente, baik itu tim U-17 dan tim U-19.

Setelahnya, Ten Hag menjalani karier kepelatihan sebagai asisten di FC Twente di bawah arahan Fred Rutten, Steve McLaren, dan Ricardo Moniz.

Tak hanya di FC Twente, Ten Hag juga menjadi asisten pelatih di PSV Eidhoven dan menjadi tangan kanan mantan bosnya, yakni Fred Rutten.

Sedangkan karier kepelatihan Ten Hag di mulai pada musim 2012/13 saat dirinya ditunjuk sebagai pelatih Go Ahead Eagles yang dikelola Marc Overmars.

Saat itu, Ten Hag berhasil mencetak prestasi gemilang dengan membawa Go Ahead Eagles promosi untuk pertama kalinya dalam 17 tahun terakhir.

Setelahnya Ten Hag pun ke Jerman dan menjadi pelatih akademi Bayern Munchen, di mana di sana ia bertemu sekaligus berguru dengan Pep Guardiola selama dua tahun.

Setelah itu ia kembali ke Belanda dan membesut FC Utrecht selama 2,5 musim, sebelum akhirnya dipinang Ajax Amsterdam untuk menggantikan Marcel Keizer.