Kemampuan kepelatihannya dibuktikan dengan membawa tim senior Hamburger SV menyabet gelar Piala Intertoto setelah mengalahkan Valencia di babak final.

Pada tahun 2007 Thomas Doll juga pernah melatih klub lokal yakni Borussia Dortmund. Ia melatih klub lokal ini selama kurang lebih satu tahun.

Prestasi sebagai pelatih yang selanjutnya ia torehkan adalah ketika melatih Ferencvarosi TC pada tahun 2013. Saat itu Doll mencoba peruntungannya di Hungaria.

Datang sebagai pelatih asing, Doll justru terkenal di Hungaria. Selama melatih Ferencvarosi TC, dirinya berhasil mempersembahkan empat trofi.

Gelar juara yang diraih oleh Ferencvarosi TC di bawah kepemimpinan Doll adalah Liga Hungaria (2015-2016) dan 3 Piala Hungaria, yang diraih secara beruntun pada musim 2015 sampai 2017.

Selanjutnya pada Agustus 2019, dia melatih APOEL. Doll memberikan gelar Super Cup dan lolos ke 32 Besar Liga Europa. Namun, Doll dan klub kemudian sepakat berpisah pada Desember 2019.

Dan Persija Jakarta merupakan pekerjaan pertamanya sebagai pelatih setelah dua tahun tak terjun di dunia kepelatihan.

Sebelum mendayangkan Thomas Doll, Persija Jakarta sudah menyusun ulang daftar pemainnya untuk persiapan Liga 1 musim depan.

Ada beberapa nama pemain Persija Jakarta yang baru-baru ini mengakhiri kontraknya dengan klub tersebut. Ketiga pemain yang dilepas ialah Novri Setiawan, Yoewanto Beny dan Adixi Lenzivio.

Selain melepaskan beberapa pemain, Persija juga sudah mendatangkan beberapa pemain untuk memperkuat permainan tim. Pemain-pemain tersebut adalah Hanif Sjahbandi, Firza Andika, dan Hansamu Yama Pranata.