Sejak bergabung ke Bali United pada 2017 silam , Stefano Lilipaly setidaknya mengemas 100 penampilan membela Bali United dengan prestasi dua kali membawa klub asal Bali ini menyabet trofi juara Liga 1, tepatnya pada musim 2019 dan 2021/2022.

Lilipaly juga mampu mengemas enam gol dan enam assist, meskipun sudah berusia 32 tahun pada musim kompetisi Liga 1 kali ini.

Selepas hengkang dari Bali United, Stefano Lilipaly dikabarkan menjadi bidikan banyak klub untuk Liga 1 musim 2022/2023.

Ada nama-nama seperti Arema FC, Persib Bandung, Persis Solo, dan Borneo FC yang kabarnya tertarik mengambil Stefano Lilipaly sebagai pemain baru.